全自动波轮洗衣机的主要缺点在于比较费水。因为它的工作原理是依靠水流在水中浸泡并搅动衣物，这意味着必须加入足够的水量才能完全浸没所有需要清洗的衣物，导致整体耗水量较大。
侧开式滚筒洗衣机和直筒式洗衣机各自的缺点是什么？
波轮洗衣机的洗净度相对较低也是其不足之处。由于靠水流搅动，衣物之间以及衣物与桶壁之间容易互相缠绕，导致部分污渍区域难以接触到水流，洗涤不够充分。相比之下，滚筒洗衣机几乎不缠绕衣物，洗净度更高。
从购买成本来看，滚筒洗衣机的价格普遍高于全自动波轮洗衣机。如果预算有限，波轮式是更经济的选择，但滚筒式在节水、护衣和洗净度上的优势往往需要付出更高的初次购买成本，这也是选择时需要考虑的经济缺点。
波轮洗衣机由于依靠底部水流搅动，无法有效洗涤大件衣物。例如厚重的毛毯，用波轮机很难洗净甚至可能损坏机器。而滚筒洗衣机通过滚筒带动衣物在水中涮洗，能够轻松处理毛毯等大件织物，这是波轮机的局限所在。
全自动波轮洗衣机对衣物的磨损率较高，这是一个明显的短板。它主要依靠机械运动带动衣物高速旋转，在这个过程中衣物与桶壁产生剧烈摩擦，容易造成衣物纤维损伤和变形，不如滚筒式温和。
滚筒洗衣机相比于波轮式，存在费时费电的缺点。普通波轮洗衣机洗涤一次通常不超过45分钟就能完成，而滚筒洗衣机因为带有加热功能且洗涤时间长，往往需要长达2个小时，这无疑增加了电力消耗和时间成本。
全自动波轮洗衣机允许在洗衣中途随时打开盖子添加遗漏的衣物，这一点非常方便。而滚筒洗衣机通常是密封设计，洗涤中途无法打开盖子添加衣物，如果有遗漏必须停止程序并等待冷却后才能操作，除非购买价格昂贵的上开盖特殊型号。
虽然波轮洗衣机没有加热功能算是节省能源，但在冬季或需要深度清洁时，这反而成了限制。滚筒洗衣机具备加热功能，能使洗衣粉充分溶解，提高洗净效率，而波轮式缺乏这一功能，在低温洗涤效果上不如滚筒。