医用空气净化系统通常有两种主要的工作模式。第一种是标准组合室空调风柜配合空气过滤系统，再通过洁净室通风保温管道和HEPA送风口进行循环，同时不断补充新风，从而确保洁净室车间达到生产所需的洁净度标准。
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第二种方式是在洁净室车间天花板上直接安装FFU工业空气净化器往室内送风，配合回风柱回风系统以及吸顶式空调机制冷。这种方案一般适用于对洁净度要求不是特别高的场合，比如食品生产车间、普通理化实验室、产品包装间或化妆品生产车间等，而且成本相对会更低一些。