适用场景方面，风机盘管加新风系统因为风机静压小，气流分布受限制，通常适用于进深小于6米的房间。而全空气系统通过大截面的风道输送处理过的空气，更适合对气流组织和空气品质有较高要求的大空间场所。选择哪种系统，需要根据建筑的具体进深和使用功能来决定。
全空气空调系统和风机盘管加新风系统有什么区别
在控制灵活性和分区管理上，风机盘管加新风系统具有显著优势。它可以灵活地根据每个房间的使用状况单独调节温度，实现个别控制，并且容易按房间的朝向、使用目的或时间进行分区控制。全空气系统虽然也能调节，但在各个房间的独立控制和分区管理的便捷性上不如前者。
全空气系统的主要缺点在于其庞大的风道需求。由于空气比热小，为了处理同样的室内热湿负荷，需要的空气量巨大，因此风道截面大，占用建筑空间多，这在建筑设计中是一个较大的制约因素。而全水式或空气-水式系统因为利用了水的高比热容，系统体积可以做得更小，从而节省宝贵的建筑空间。
从空间占用和建筑设计的角度来看，两者差异明显。因为空气的比热容很小，全空气系统需要很大的风量来吸收室内的余热余湿，这就导致风道截面积非常大，占用较多的建筑空间。相比之下，风机盘管加新风系统体积更小，布置安装更方便，尤其适合空间有限的旧建筑改造。
全空气系统是由空调装置送出的风直接调节室内空气，这意味着所有的热湿处理都在集中式主机完成，然后统一输送。而风机盘管加新风系统属于空气-水系统，它结合了中央空调风机盘管作为末端设备和独立的新风系统，新风系统专门负担新风负荷以保证空气质量，这种组合在民营建筑中应用非常普遍。
全空气空调系统和风机盘管加新风系统最本质的区别在于承担室内热湿负荷的介质不同。全空气系统完全依赖经过处理的空气来调节房间的温度和湿度，而风机盘管加新风系统则是利用经过处理的水和空气共同承担负荷，其中风机盘管负责大部分负荷，新风系统负责通风和补充负荷。
从系统设计理念来看，风机盘管加新风系统是为了克服全空气系统占地大和风道粗，以及全水式系统无法通风换气的缺点而诞生的。它既解决了全水式系统无法处理新风的问题，又避免了全空气系统对建筑空间的过度占用，是一种折中且高效的空调形式，设计师可以通过合理设计和选型来扬长避短。
风机盘管加新风系统虽然灵活，但也存在明显的缺点。首先，由于机组分散设置在各个房间，台数较多，导致后期的维修管理工作量较大。其次，由于机组本身的静压较小，气流分布受限，且难以进行二级过滤，容易造成室内空气品质较差，甚至可能发生凝结水渗顶的事故，这在全空气系统中较少见。