保存冷冻干燥样品时，首要任务是选用合适的包装材料。必须确保材料具备避光、避辐射以及不透气的特性，进行密闭封装。为了达到最佳效果，建议尽可能采用抽真空包装或者充入惰性气体包装的方式，从而隔绝外界环境对样品的影响。
冷冻干燥后的样品应该如何保存？
储存温度是保存冻干样品的关键因素，原则上温度越低越好，最好控制在20℃以下。由于冻干食品具有吸湿性和易氧化性，冻干终了时最好使用干燥氮气或二氧化碳等惰性气体使干燥室恢复常压，以维持样品的稳定性。
为了增加抗震能力，可以使用瓦楞纸、褶皱塑料或泡沫塑料等吸震材料进行缓冲，或者采用填充氮气密封包装的方式。这些措施能够有效吸收震动能量，保护脆弱的冻干食品在物流过程中不受损伤，保持其物理形态。
通常的做法是使用操作间的干燥洁净空气来恢复冻干机干燥室的常压。冻干食品取出后，应立刻在干燥洁净的操作间内进行包装密封，以防止样品在空气中暴露过久而吸收水分或发生氧化，确保长期保存的质量。
由于冻干制品通常比较易碎，储存和运输时需要特别注意防震防压。应选用能防止产品发生机械性损伤的包装材料，例如金属罐或玻璃瓶。在运输过程中要防止机械振动，以保护固体物料的形状完整，避免破碎。
在储存过程中，必须严格防止强氧化剂的污染，尤其是要避免铜、铁等金属离子的引入。这些金属元素可能会催化氧化反应，导致样品变质，因此在包装和储存环节都要特别注意隔离这些污染源，保持样品的纯净度。
需要注意的是，冷冻干燥的样品放入低温冰箱只是前期预冻的过程。也可以选择直接用冻干机进行预冻，这样不仅节省了低温冰箱的使用成本，还能避免物料在移动位置过程中因温度变化而产生的融化现象，保证预冻效果。