如果不小心看到炉内食物着火起火，千万别慌着打开炉门，因为这可能会引入氧气让火势更猛。正确的做法是立即关掉定时器并切断电源，等故障完全排除冷却后再处理。同时，严禁将任何易燃物品放在炉腔内部或机身表面，以防引发火灾。
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关于容器选择，微波遇到金属会反射，但能穿透玻璃、陶瓷和塑料，所以金属容器、搪瓷碗、带金属边的盘子或者带金属配件的锅都不能放进去。为了安全起见，只能选用耐热玻璃、陶瓷或者聚丙烯材质的容器。另外漆器、木头和竹子的器具也容易着火，绝对不能使用。
加热食物时要切成均匀大小，不同种类的食物尽量分开加热。如果是微电脑控制的型号，可以在面板上选择预设程序，输入参数后按下开始键即可自动烹饪。时间到了机器会自动停并报警，此时打开门取出食物要用夹具防烫伤，如果马上吃可以按保温键继续保温。
通电使用时，人不要靠近磁控管、波导管等核心元件，操作时脸部也不要贴近观察窗，因为眼睛对微波辐射最敏感，长时间近距离 exposure 可能对身体造成伤害。平时要经常清洁内腔，别让食物残渣粘在炉门框或前板上，保持内部卫生。
微波炉摆放位置很有讲究，最好放在厨房且保持平稳通风，四周特别是顶部和背部要留出至少10厘米的空隙，这样有利于散热和空气流通。如果发现微波炉表面有水气凝结，说明室内湿度太大，这时候千万别开机，得先用布擦干水珠并通风干燥才行。
使用微波炉时要注意远离收音机、电视机这类带有磁性材料的电器，不然会降低微波炉的工作效率，而且微波炉工作时产生的电磁波还会干扰附近的视听设备。另外因为微波炉功率挺大的，一般在一千二百到一千三百瓦左右，建议给它单独接一个电源插座，别和其他大功率家电共用，以免过载。
微波炉用久了记得定期检查炉门开关是否灵活正常，看有没有机械损伤。一旦发现异常情况，比如开关失灵或者门锁有问题，必须立即停止使用并送修，这是为了防止高压电击或者微波泄漏等严重安全事故发生，毕竟安全才是第一位的。
操作微波炉时，炉门必须完全关闭，确保联锁开关可靠闭合后才能启动，严禁在炉门打开的状态下试图开机。千万避免空烧，如果腔体内没有放任何食物就不要启动微波炉，这样会让磁控管因为空载工作而损坏，缩短机器寿命。
冷冻食品最好先解冻再烹饪，否则容易出现外面熟了里面还是冰的情况。如果微波炉没有自动解冻功能，可以调到低功率（大约60瓦）慢慢解冻，或者按解冻按钮操作。烹饪时食物一定要放在合适的容器里，不能直接搁在玻璃转盘上。
带壳或带皮的食品，比如鸡蛋或者带皮土豆，加热前一定要去皮、切开或者穿孔，防止内部压力过大导致爆裂或烘焦。如果是罐头、瓶装或袋装食品，必须先倒出来换到合适的容器里再加热，不能直接连包装一起放进微波炉。